Untuk mendukung atau menunjang pelaksanaan Tri Dharma Perguruan Tinggi, maka Fatepa dilengkapi dengan beberapa laboratorium/UPT dan fasilitas penunjang lainnya, sebagai berikut :

1. Laboratorium Kimia dan Biokimia Pangan

2. Laboratorium Mikrobiologi Pangan

3. Laboratorium Pengolahan Pangan

4. Laboratorium Pengendalian Mutu

5. Laboratorium Daya dan Mesin Pertanian

6. Laboratorium Teknik Bioproses

7. Laboratorium Teknik dan Konservasi Lingkungan Pertanian

8. Laboratorium Analisa Sistem dan Komputer